Der Würzburger Bischof Hermann von Lobdeburg (1225 - 1254) zog nämlich die Klostergüter an sich, und fortan geschah die Vergabe dieser Liegenschaften - wenn sie denn vorgenommen wurde - durch den Würzburger Bischof". Dies alles im krassen Widerspruch zu den 1150 getroffenen Festlegungen Bischof Siegfrieds. Damit fand ein Prozeß seine Fortsetzung, dessen Ziel die endgültige Unterstellung des Klosters unter den Würzburger Bischof darstellte. Würzburg betrachtete Neustadt als bischöfliches Eigenkloster, was freilich nicht zutraf. Die Meinungen unserer Tage über den Gründungsvorgang besitzen allerdings eine nicht geringe Bandbreite. Zwei Auffassungen haben sich im wesentlichen herausgebildet: Wenn das Kloster zu jener Zeit, in der Megingoz (753 - 768) noch als Bischof amtierte, errichtet wurde, so erwecken die überlieferten Begleitumstände den Eindruck einer privaten Gründung". Das gilt erst recht, falls Megingoz das Kloster erst gründete, nachdem er seine bischöflichen Funktionen bereits abgelegt hatte". Nach beiden Varianten war Neustadt als adeliges Eigenkloster entstanden, wurde aber nach kurzer Zeit dem karolingischen König aufgetragen. Wäre es bischöfliches Eigenkloster gewesen, hätte Würzburg mit Sicherheit Einwendungen dagegen erhoben. Seitdem war die Abtei Königskloster, »stand unter königlichem Schutz, wurde mit karolingischem Königsgut ausgestattet und von Karl dem Großen mit der Missionierung Sachsens im Raum Verden beauftragt«". Doch Neustadt konnte seinen im 8. Jahrhundert gewonnenen Rang und seinen weltlichen Besitzstand nicht bewahren.
Die Anstrengungen Würzburgs, das Kloster unter bischöfliche Abhängigkeit zu bekommen bzw. es in dieser zu halten, hatten Erfolg. Dieses Ziel zu erreichen, hatte Würzburg seit dem 10. Jahrhundert durch »Restituierung« der »entfremdeten« Abtei angestrebt. Aber nicht diese alten eigenklösterlichen und auf einer Urkunde von 993 basierenden Ansprüche waren entscheidend für die Erwerbung, sondern »allein die territorialpolitische Möglichkeit, die Vogtei zu erwerben«". Auf diese Weise war es Würzburg gelungen, Neustadt zum würzburgischen Eigenkloster zu machen. Seitdem stand das Kloster in Abhängigkeit vom Hochstift Würzburg und alle Bemühungen um seine Selbständigkeit waren in der Folgezeit vergebens.
Auch im Jahr 1100 war Bischof Emehard (1089 - 1105) gegen den Klostervogt Markward I. als Eigenklosterherr eingeschritten' und hatte für Ordnung gesorgt. Die im 12. Jahrhundert unternommenen Versuche Neustadts, sich mit Hilfe gefälschter" Urkunden, die aber im Kern echte Deperdita enthielten, auf Karl dem Großen als Gründer zu berufen, waren ebenso gescheitert wie die Forderungen nach freier Vogtwahl und Wiederherstellung des Besitzes.