Nachdem die Edlen von Thüngen so weit gegangen waren, selbst den Abt von Ebrach zu verfolgen und ihm einige Pferde raubten, beauftragte der Bischof den Sohn seines Bruders, die Räuber zu verfolgen, was auch geschah und die Beute wurde ihnen wieder abgenommen. Dietz von Thüngen war Amtmann des Bischofs, was ihn jedoch nicht daran hinderte, seine Verwandten zu unterstützen. Der Bischof stand bei ihm mit 6000 Gulden in der Kreide, die er trotz mehrerer Mahnungen nicht zurück erhielt. Daraufhin schloß der Amtmann mit seinem Vetter Sigmund ein Bündnis und kündigte dem Bischof eine Fehde an. Nun rächte sich der Bischof, daß er die Mutter der beiden Ritter, Else, als Zauberin vor das geistliche Gericht zitieren ließ. Als sie nicht erschien, wurde sie mit dem Bann und die Stadt Hammelburg, wohin sie geflohen war, mit dem Interdikt belegt. Daraufhin wurde sie von den Hammelburgern aus der Stadt vertrieben. Zusätzlich wurden die meisten ihrer Güter eingezogen. Zur Beilegung der Fehde verhandelte man an verschiedenen Orten, jedoch ein Vergleich scheiterte an der Unmöglichkeit der Rückzahlung der großen Geldsumme, die der Bischof dem von Thüngen schuldete. Am 20.-26.9. 1439 kam unter der Vermittlung des Bischofs Anthoni von Rotenhan von Bamberg und des Deutschmeisters Eberhard von Saunsheim folgender Vertrag zustande: »Else von Thüngen soll vom Bann gelöst werden und ihre entzogenen Güter wieder erhalten. Der Bischof soll die Lehen des Sigmund von Thüngen neu bestätigen. Karl von Thüngen soll alle seine Schuldbriefe dem Bischof als quittiert zurückstellen, dafür neben seinem Bruder Kunz vom Bann befreit werden. Die beiden Unterhändler, Eberhard und Engelhart von Thüngen sollen zwei Pferde im Wert von 60 Gulden oder so viel bares Geld zur Belohnung empfangen...«
Hiermit endete diese Fehde, durch die 50 Untertanen getötet, Unzählige durch Raub und Brand geschädigt und bis zu 20 000 Gulden an Lösegeldern von Gefangenen erpreßt worden waren.
Schreiben der Markgräfin Elisabeth an den Bischof wegen des Bannes über Else von Thüngen
Zur Verteidigung der mit dem Bann belegten Else von Thüngen sandte die Markgräfin Elisabeth, eine geborene Herzogin von Bayern, folgendes Schreiben an den Bischof:
»Lieber Herr und Freund! Die Witwe des Dietz von Thüngen hat sich bei uns schriftlich beklagt, daß euer Liebden ihr großen Schaden zugefügt habt. Vom Schenk Konrad sei ihr bedeutet worden, sie würde ihre Güter schon wieder erhalten und die erlittenen Beschädigungen sollten vergütet werden. Dies ist aber nicht geschehen und sie irrt im Bann ohne Unterkunft umher. Wir können nicht begreifen, wie euer Liebden, die ihr früher immer als ein Frauenmann gepriesen wart, jetzt so hartherzig gegen eine Witwe verfahren könnt. Wir bitten euch, diese arme, verlassene Frau nicht weiter zu verfolgen, sondern in euren Schutz nehmen zu wollen, um so mehr, als sie sich gegen euch immer untertänig beweisen wird, und vertrauen auf euch, während wir stets zu anderen Gegendiensten stets bereitwillig sein werden. Onoldsbach am 1. 5. 1439.«
Antwortschreiben des Bischofs Johann
"Liebe Frau und Freundin! Auf euer Schreiben die von der Witwe Else von Thüngen gegen uns erhobenen Klagen betreffend, müssen wir euch erwidern, daß sie uns mit ihrem Sohn Karl seit vielen Jahren feindselig behandelt und das gegebene Versprechen nicht eingehalten hat, sich von ihm loszusagen. Ihr Sohn Karl hat unser Stift bisher mit Raub und Brand verwüstet, viele Untertanen gefangen genommen und mehrere ermordet. Er fängt Pfaffen und Mönche ein, wirft sie nackt ins Gefängnis und verlangt Lösegeld. Auch nimmt er den Bettelmönchen die ihnen geschenkten Gaben ab. Obgleich wir uns Degen euer Liebden gerne als einen Frauenmann beweisen wollen, so können wir gegen Frauen in unserem Alter jetzt nimmer so wohl dienen und dies entgelten wie vormals. Wir bitten euer Liebden, uns diese aufrichtige Antwort nicht zu versagen. 11. 5. 1439«
Das Stift Würzburg befand sich damals in einer trostlosen Lage
Alle Ortschaften, Städte und Schlösser waren verpfändet oder versetzt, alle Einkünfte verschrieben. Dem Bischof waren von allen Einkommen nur noch der Weinguldenzoll, und dieser nur auf einige Jahre, und die des Fiskalamts verblieben. Die Gläubiger des Bistums und das war ausschließlich der Adel, drängten mit wachsendem Ungestüm auf Begleichung der Forderungen und holten sich ihr Geld von wohlhabenden Untertanen des Bischofs.
Ein offenes Geschwür am Schenkel hatte den Bischof aufs Krankenbett geworfen, wo ihn körperliche Schmerzen und das peinliche Schuldgefühl so viel begangenen Unrechts heftig ängstigten. (!) Wenn man bedenkt, daß diese Aufzeichnungen von einem fürstbischöflichen Geheimschreiber stammen, muß man ihm zugestehen, daß er für die Verhältnisse der damaligen Zeit nur einen leicht gedämpften Respekt vor seinen Herren hatte. Waren doch erst 100 Jahre vergangen, daß auf dem Bischofsstuhl ein Mann gesessen hatte, der durch eine leichtsinnige Regierungsweise das Bistum in Schulden gestürzt hatte. Waren die Thüngischen Aktionen auch nicht immer rechtmäßig, so galt in der damaligen Zeit noch eher der Bibelspruch: Auge um Auge, Zahn um Zahn« und das erst recht in einem Fürstbistum!
Eines ist jedoch klar zu erkennen, daß mit dem fränkischen Adel, trotz der immer mehr zunehmenden Macht der Fürstbischöfe, nicht gut Kirschen zu essen war. Davon wußten auch die Fürstbischöfe von Fulda ein Lied zu singen, die hatten es mit noch härteren Burschen zu tun.